实验动物研究所下设：研究所办公室、实验动物生产供应科、动物实验管理科。

研究所办公室：承担实验动物研究所党务、行政、教学科研、研究中心日常事务、物资设备、财务报账、设施运行、学校实验动物管理委员会、实验动物福利伦理审查、实验动物生物安全应急管理等综合管理。

实验动物生产供应科：保证实验动物生产及供应，开展SPF级啮齿类实验动物、普通级大动物的生产繁育；实验动物新资源的开发研究；能够为学校教学科研提供所需的封闭群、近交系、免疫缺陷模型、基因敲除动物、转基因动物及其它品种品系实验动物的服务能力。

动物实验管理科：加强动物实验管理科的职能建设，能够实验动物平台基础上开展SPF级啮齿类实验动物、普通级大动物的实验服务；能够根据学校教学科研所需开展模式动物实验服务、基因工程动物模型的专业服务等等，具有高水平服务能力。